“卿”为官名，始于周，列国仿置，是中央政务大臣。因其贵重，秦以后历代封建王朝都习惯以“九”为常数，选择中央重要行政机关首长尊称为“九卿”，突出他们的地位。
周曾以少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空为九卿。前三卿专辅天子；后六卿分管政务，按其次序，相当于后来的吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书。
秦以奉常(掌礼仪祭祀)、郎中令(掌宫外警卫)、卫尉（掌宫内警卫)、太仆（掌车马)、廷尉(掌刑狱)、典客(掌内外客使)、宗正(掌皇族谱籍)、治粟内史(掌盐铁钱谷)、少府(掌皇帝财产)，这些机关首长为九卿。
汉以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府谓之九卿，即中央各机关的总称。东汉时九卿属三司（太常、光禄勋、卫尉三卿并太尉所部；太仆、廷尉、大鸿胪三卿并司徒所部；宗正、大司农、少府三卿并司空所部），多进为三公，各有署曹掾史，随事为员。
北齐改廷尉为大理，少府为太府，合太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、鸿胪、司农，称之为九寺。置卿、少卿、丞各一人，各有功曹、五官、主簿、录事等员。自古“九卿”同“九寺”，但正式将“九寺”与官职连用则始于北齐。
隋唐九寺与北齐同，即太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺。
宋九寺与唐同，惟光禄寺因避宋太宗赵光义讳，改为崇禄寺。
魏晋南北朝以后，设尚书分主各部行政，九卿专掌一部分事务，职位较轻。
明清有大小九卿之别。明之大九卿为六部尚书及都察院都御史、通政司使、大理寺卿；小九卿为太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、苑马寺卿、尚宝寺卿。
清代皇帝的谕旨中常以六部九卿并提，可见不把六部计算在九卿之内。九卿究竟指哪些官，说法不一致。其小九卿则指宗人府丞、詹事、太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、鸿胪寺卿、国子祭酒、顺天府尹、左右春坊庶子。