指纹具有各人各指不同、长期稳定不变的特点。因此，指纹技术首先在犯罪同一认定领域中得到了广泛的应用。
我国是最早发现和利用指纹的国家。但是真正对指纹进行科学研究，还是近几个世纪的事。因为人们认识到指印所产生的各种各样不同形状的纹线是较容易的，而运用这些纹线去解决人的同一认定问题是相当难的。
1686年。马尔丕哥教授运用当时新发明的显微镜，发现指纹的纹线都是从手指顶端的圆环和螺旋线中引出来的，他的论文题目是《指纹纹线放大若干倍》。1823年德国普克尼教授指出：手指最末端指骨上的纹线，多样性和差别性非常突出。他制定了一些标准，把纹线划分为九个类别。
1858年，英国驻印度的行政长官威廉·赫胥尔，要求居民在契约上既要签字又要按指纹，这是第一次由官方规定在很大范围内运用指纹。1877年，赫胥尔提出了一份报告，要求将指印作为鉴定识别犯人的工具，他的报告没有得到批准，但赫胥尔却在自己管辖的省份大力推广了这一方法。
1889年，英国科学杂志《自然》发表了福尔茨医生的论文《识别犯罪的第一步》。文章指出，只要在犯罪现场上发现、提取有关指纹，就能够发现犯罪分子，尽管罪犯可能会通过其他手段对手指进行掩饰，但指纹仍然是不变的。这一理论为实践部门所接受，成为现代指纹科学中最早提出的理论之一。
现代科学技术的发展，使指纹的分析、储存、鉴定等工作逐渐摆脱了手工操作，走向机械化、自动化，并且用上了电子计算机和激光技术。